Vajíčka sa vyrábajú z kloaky nosníc, na povrchu sú prichytené črevné mikroorganizmy a v znečistenom prostredí sa infikuje veľké množstvo patogénnych baktérií. Prieskumy vzoriek ukázali, že 10 percent vajec prenášalo salmonelu na povrchu a 64 percent E. coli na povrchu vajec vážne prekročilo normu.
Mikroorganizmy a patogénne baktérie na povrchu vajíčka vniknú do vajíčka cez nespočetné množstvo pórov vo vaječnej škrupine a rozmnožia sa vo veľkých množstvách, čím vážne ovplyvnia kvalitu vajíčka a spôsobia škodu jedlíkovi. Jediným spôsobom, ako zabrániť kontaminácii vajec, je rýchle čistenie a dezinfekcia po vyprodukovaní vajec, usmrtenie škodlivých baktérií, odstránenie ich kontaminantov a úplná eliminácia rôznych mikróbov a škodlivých látok, ktoré sú v procese výroby hydiny nevyhnutné.